学校设置“出土医学文献与文物保护利用数字实验室建设管理委员会”负责对实验室的规划、布局、建设、管理及监督等。“出土医学文献与文物保护利用数字实验室建设学术委员会”负责实验室的学术规划、学术评价的指导，指导实验研究项目的开展。出土医学文献文物保护研究数字重点实验室下设4个分实验室“智能数据库构建分实验室”“数字研究分实验室”“修复保护分实验室”“展示传播分实验室”四个分实验室。